Темрюкский историко-археологический музей – один из старейших музеев на территории Краснодарского края – был создан в 1920 году. Инициаторами его создания были учителя города во главе с учёным-самоучкой, краеведом и исследователем Таманского полуострова Сергеем Францевичем Войцеховским.
В 1979 году Темрюкский историко-археологический музей вошел на правах филиала в Краснодарский государственный историко-археологический музей-заповедник им.Фелицина, а в 1983 году Темрюкскому музею было передано одно из старейших зданий в городе – бывшая аптека, построенная в конце XIX века. В этом здании музей располагается и по настоящее время, сохраняя его как памятник архитектуры, не меняя во время ремонтов его внутренней планировки и основных элементов внешнего вида.

Предметы археологии расположены в первом экспозиционном зале музея, где посетители знакомятся с «Русской Элладой» на территории Тамани. Уникальными экспонатами той поры являются черно-лаковые пелики, парфюмерные сосуды и светильники из красной и серой глины, греческие надгробия с памятными надписями.

История Кубанского казачества представлена в зале, где собраны экспонаты конца ХVIII – начала ХХ веков. Ведь именно на Таманский полуостров первыми вступили Черноморские казаки, основав здесь около 40 казачьих куреней-станиц. Быт казаков, способ несения пограничной службы, их одежда, традиции – все является предметом экспозиции в зале Темрюкского музея.

Новейшая история Тамани представлена в зале, посвященном событиям Великой Отечественной войны на Тамани. Экспозиция зала оформлена с использованием коллекции документов и фотографий, оружия и предметов периода 1941-1945 годов, а также элементов воинского обмундирования бойцов Красной Армии и вермахта.
В 1983 году в Темрюке был открыт музей военной техники под открытым небом «Военная горка», который является филиалом Темрюкского историко-археологического музея. Этот музей, занимающий территорию в несколько десятков гектар, с количеством экспонатов свыше 100 единиц, является крупнейшим из музеев подобного рода в России. Расположенный на высоком холме в центре города, этот музей стал практически визитной карточкой Темрюка, местом проведения торжественных мероприятий в юбилейные и памятные дни в истории города и района. Экспозиция музея – это единицы боевой техники периода Великой Отечественной войны и послевоенного времени, рассказывают о разгроме противника на Тамани в 1943 году и завершения Битвы за Кавказ – одного из крупнейших сражений Великой Отечественной войны.

В 1994 году в состав Темрюкского музея вошел этнографический музей, созданный в одной из старейших станиц Тамани – Старотитаровской. Это филиал Темрюкского музея со своеобразной экспозицией, посвященной истории родной станицы.