Сибайское медицинское училище основано в соответствии с приказом МЗ БАССР № 154 от 20 сентября 1959 года, когда в районах Башкирского Зауралья возникла острая потребность в медицинских работниках среднего звена. Возглавил это учебное заведение директор Б.Х. Гумеров. В разные годы училищем руководили М.А. Фатхуллин, И.И. Терехов, Ш.И.Хусаинов, Д.М.Нагаева, И.М. Хибатуллин, А.Н. Набиуллин, С.С. Баймуратов, С.Х. Мавлеткулова, Ф.Х. Яхин, Л.Ш. Гильмуллина.
Сейчас учебным заведением руководит и.о. директора С.М. Утяшева.

В соответствии с распоряжением Правительства Республики Башкортостан от 2 июля 2003 года №638-р Сибайское медицинское училище преобразовано в "Сибайский медицинский колледж" МЗ РБ. В декабре 2007 г. колледж успешно прошел аккредитацию, а в декабре 2008 года – лицензирование.

Образовательно-производственный центр (кластер) федерального проекта «Профессионалитет» по отрасли «Центр подготовки кадров для клинической и профилактической медицины» на базе ГАПОУ РБ "Сибайский медицинский колледж".В ГАПОУ РБ Сибайский медицинский колледж действует волонтерское движение "Милосердие". Студенты-волонтеры активно участвуют в акциях и мероприятиях.