Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Государственный университет морского и речного флота имени адмирала С.О. Макарова» был образован в соответствии с приказом Министерства Транспорта Российской Федерации от 11.09.2012 № 341 о реорганизации в форме присоединения Федерального бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Государственная морская академия имени адмирала С.О. Макарова» к Федеральному бюджетному образовательному учреждению высшего профессионального образования «Санкт-Петербургский государственный университет водных коммуникаций».

Является высшим техническим учебным заведением, образовательная деятельность которого направлена на подготовку высококвалифицированных кадров для транспортной инфраструктуры России. Сегодня это одно из крупнейших учебных заведений на Северо-западе страны.