ГБУ РК "Центр по ООПТ" осуществляет деятельность в области охраны и использования особо охраняемых природных территорий регионального (республиканского) значения.

Кроме того, вторым направлением деятельности центра является экологическое просвещение население республики. Ежегодно сотрудники Центра по ООПТ организуют республиканские природоохранные акции, проводят тренинги в образовательных организациях, обустраивают экологические тропы на ООПТ и создают интерактивные методические материалы по вопросам природосбережения.