Аграрный колледж входит в систему среднего профессионального образования Республики Алтай, участвует в работе Совета директоров профессиональных образовательных организаций Республики Алтай. Кроме того, поддерживаются связи с профессиональными образовательными организациями Алтайского края, Томской, Омской и Новосибирской областей, Казахстана.