ФГБОУ ВО Ярославский ГАУ образован в 1977 году как филиал Московской ордена Ленина и ордена Трудового Красного Знамени сельскохозяйственной академии имени К.А. Тимирязева. В 2023 году вуз получил (на тот момент Ярославская государственная сельскохозяйцственная академия) статус университета.
Ярославский ГАУ - это единственное в Ярославской области образовательное учреждение высшего образования, ведущее подготовку кадров для отраслей АПК (подготовка по укрупненным группам специальностей 35.00.00 Сельское, лесное и рыбное хозяйство и 36.00.00 Ветеринария и зоотехния).