Начало деятельности Ягодинской школы зафиксировано в ведомости Наркомпроса РСФСР от 1929 года. Свидетельство о государственной регистрации организации Ягодинская муниципальная средняя (полная) общеобразовательная школа выдано Постановлением главы местного самоуправления Кондинского района Ханты-Мансийского автономного округа о регистрации 13.02.1997 года №41.