Основной задачей музея является обобщение опыта мировых религий в культурном контексте, демонстрация общности их компонентов с целью воспитания веротерпимости и уважения к культовым традициям представителей разных конфессий и народов. В постоянную экспозицию музея вошли артефакты, олицетворяющие религиозные предпочтения и быт народов Кавказа и, в частности, Дагестана.

Музей работает на стыке нескольких дисциплин и направлений: истории, этнографии, религиоведения, культурологи и искусствоведения. Ведется  работа по сбору материала и формированию фондов музея.

Особое место в музее с момента его открытия занимает выставочная деятельность. В специально созданном выставочном зале проводятся тематические и специализированные выставки из фондов музея, выставки изобразительного и фотографического искусства, обменные и передвижные проекты из музеев и частных собраний республики, страны и из-за рубежа.