Лицей основан 1 сентября 2001 года. На основании постановления Администрации муниципального образования «Город Майкоп» от 20.01.2003г.№ 22 и приказа комитета по образованию от 26.03.2004г. №78 «О переименовании подведомственных образовательных учреждений» Эколого-биологический лицей № 35 переименован с 29 июля 2003 года в Муниципальное образовательное учреждение «Эколого-биологический лицей 35». В целях оптимизации сети образовательных учреждений НОШ N 29 в июле 2009 г. была реорганизована в форме присоединения к МОУ "Эколого-биологический лицей N 35". В 2011 году Распоряжением Главы муниципального образования «Город Майкоп» от 16.08.2011г.№ 270-р Муниципальное образовательное учреждение «Эколого-экологический лицей №35» переименован в Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение «Эколого- биологический лицей 35». С 1 сентября 2010 года Распоряжением Главы муниципального образования «Город Майкоп» от 26.08.2010 г. №159-рк директором лицея назначена Маркина Ирина Владиславовна. С 03 июля 2015 года Распоряжениемисполняющим обязанности Главы муниципального образования «Город Майкоп» от 29.06.2015 г. №167-рк директором МБОУ «Лицей № 35» назначена Романенко Ольга Вячеславовна Лицей ориентирован на всестороннее формирование личности воспитанника с учетом его физического, психического развития, индивидуальных возможностей и способностей, развитие и совершенствование образовательного процесса, формирование общей культуры личности обучающихся на основе усвоения обязательного минимума содержания образовательных программ, их адаптация к жизни в обществе, создание основы для осознанного выбора и последующего освоения профессиональных образовательных программ, воспитание гражданственности, трудолюбия, уважения к правам и свободам человека, любви к окружающей природе, Родине, семье, формированию здорового образа жизни