Школа №6 открыта 1 сентября 1987 года, а 1 сентября 1992 года получила статус школы-гимназии. 31декабря 1999 года школа-гимназия получила новый статус – муниципальной гимназии №6. 20 ноября 2001 года гимназия была переименована в муниципальное общеобразовательное учреждение «Гимназия №6», в 2008 году гимназии присвоено имя академика-кораблестроителя А.Н. Крылова. Постановлением главы администрации города Алатыря от 17 августа №694 гимназия преобразована в муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение «Гимназия №6 имени академика-кораблестроителя А.Н. Крылова» города Алатыря Чувашской Республики.