Музей открыл свои двери для посетителей 24 июля 1999 г.
В 2000 г. состоялось открытие музея военной техники под открытым небом, в котором все желающие могут познакомиться с образцами вооружения и оборудования времен 1940-1980-х гг.

Основная экспозиция отражает важнейшие этапы становления города от древнейших времен до сегодняшних дней. 

В 2002 г. был открыт зал «Флора и фауна Кольского полуострова», в котором посетители могут познакомиться с животным и растительным миром Кольского полуострова. 

В 2003 г. была подготовлена и оформлена экспозиция «История Кольской Краснознаменной флотилии разнородных сил».

В 2013 г. на средства Президентского гранта был оформлен и открыт для посетителей новый зал «Ойкумена древнего оленеостровца». 

С 2000 г. коллектив сотрудничает с ЮНЕСКО по программе «Устойчивое развитие береговых областей и островных государств». 

В своей работе музей много внимания уделяет истории исследования Арктики. В 2004 и 2014 гг. г. прошли «Научные встречи в Полярном». Мероприятия, приуроченные к 110-летию со дня рождения И.Д. Папанина и к 110-летию открытия Мурманской биологической станции, объединило представителей известных научно-исследовательских учреждений Москвы, Санкт-Петербурга, Мурманска.

В двух залах третьего этажа музея располагаются сменные выставки художников, мастеров декоративно-прикладного творчества, других музеев города, области и зарубежных стран.

Сегодня в фондах хранится более 28 тысяч музейных предметов (из них основного фонда более 10 тысяч), а начинать приходилось с нуля. Работа по пополнению коллекций музея ведется при помощи различных организаций и неравнодушных лиц, среди которых археологи Института истории материальной культуры и Санкт-Петербургского государственного университета, члены Совета ветеранов Москвы и Санкт-Петербурга, сотрудники Полярного научно-исследовательского института морского рыбного хозяйства и океанографии им. Книповича и Мурманского морского биологического института, поисковики отряда «Память».