Вологодский храм Иоанна Богослова имеет древнюю и интересную историю - он был местом общения иконописцев вологодчины, отсюда такое богатое внутреннее убранство имел этот дом Божий и сегодня мы рады всем, кому не безразлична судьба этой уникальной святыни.
В 2014 году с образованием прихода церкви Иоанна Богослова начат ремонт здания, восстановлена кровля, установлена временная глава с крестом. Выполнены ремонтные работы в интерьере нижнего храма, вновь приспособленного для богослужений.
В 2021 году ООО «БизнесКонсалт» при сотрудничестве с ООО «Валбэк-ру» разработана научно-проектная документация для реставрацию церкви. Работы ведутся под научным руководством архитектора Владимира Николаевича Лукина. В 2021 году начата архитектурная реставрация фасадов, включающая вычинку деструктурированных участков кладки и восстановление стёсанного кирпичного декора. При работах используется большемерный полнотелый глиняный кирпич. Срезан грунта по периметру здания для открытия кирпичного цоколя и верхней части бутового фундамента. Выполнена большая работа по восстановлению цоколя и оконных проёмов первого этажа: заложены поздние растёсанные проёмы, восстановлена историческая форма окон с декоративным рельефным кирпичным оформлением, воссоздано окно на апсиде. В восстановленых оконных проёмах установлены деревянные оконные рамы. В ходе реставрационных работ на южной стене обнаружены следы раннего арочного проёма, сохранившийся участок которого экспонируется в виде зондажа. На фасаде ведется восстановление лопаток на углах здания и строенных полуколонн, многообломного карниза с поясом поребрика между подклетом и верхним храмом. В алтарной части восстановлены стягивающие кладку металлические тяжи, восстановлена крыша, на которой восстановлен купол. В интерьере на первом этаже осуществлена реставрация потолочных тянутых карнизов и внутренних оконных наличников, воссозданы потолочные розетки, раскрыты заложенные ниши и первоначальный вход с арочной перемычкой.
На следующих этапах предстоят работы по реставрации верхнего храма с воссозданием утраченного барабана с главкой, восстановление фасадов, воссоздание завершения колокольни.
Точная дата возведения на Верхнем посаде деревянной церкви во имя Иоанна Богослова не известна. Однако церковь уже фигурирует в Писцовой книге города Вологды 1627 года. В документах 1691 года числится Богословская улица, получившая свое название от одноименного храма. Сохранились предания о проживании в пределах Богословского прихода множества иконописных мастеров. Эта легенда частично подтверждается упоминанием Иконной улицы в средневековой Вологде и наличием в храме до революции 1917 года особо ценных икон.
По поводу времени строительства каменной церкви во имя Иоанна Богослова у историков также нет единой точки зрения. Согласно клировым ведомостям, церковь Святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова была построена в 1744 году. «Вологодская старина» относит ее строительство к середине, а «Вологодский календарь» 1893 года – к концу XVIII века (после 1780 года).
Церковь была двупрестольной. Бесстолпный четверик с трапезной возведен в стиле классицизма. Постройка позднеампирной колокольни со шпилем относится к 1830-1840 годам.
По имени церкви носила название прилегающая к ней улица – Богословская (ныне Воровского). Приход храма в 1781 году включал в себя 19 дворов. По данным на 1892 год численность прихожан составляла более 170 человек. До 1909-1910 годов к Богословской церкви была приписана церковь Михаила Архангела, располагавшаяся в соседнем квартале.
Церковь Иоанна Богослова являлась одной из интереснейших по иконописи и хранящимся в ней памятникам древности.
В 1906 году художником-реставратором Чириковым под наблюдением Императорского Московского Археологического общества были реставрированы около 100 старинных икон храма, в том числе и наиболее почитаемая икона Архистратига Михаила работы изографа Григория Агеева (1687 год).
Также в церкви находились иконы Господа Бога Вседержителя, Иоанна Богослова, Богородицы, Св. Троицы, Воскресения Христова и др. Время создания некоторых из них – начало XVII века. Многие иконы из Богословской церкви сегодня экспонируются в Вологодском музее-заповеднике.