Министерство здравоохранения Республики Марий Эл является органом исполнительной власти Республики Марий Эл, осуществляющим функции по выработке и реализации государственной политики в сфере здравоохранения на территории Республики Марий Эл.
Министерство обеспечивает при реализации своих полномочий приоритет целей и задач по развитию конкуренции на товарных рынках в установленной сфере деятельности.
Министерство осуществляет свою деятельность непосредственно и через медицинские организации Республики Марий Эл и иные государственные учреждения Республики Марий Эл, находящиеся в ведении Министерства (далее соответственно - медицинские организации, государственные учреждения), во взаимодействии с федеральными органами исполнительной власти, территориальными органами федеральных органов исполнительной власти по Республике Марий Эл, органами исполнительной власти Республики Марий Эл, Федеральным фондом обязательного медицинского страхования и территориальным фондом обязательного медицинского страхования Республики Марий Эл, органами местного самоуправления в Республике Марий Эл, общественными объединениями и иными организациями.
В случаях, предусмотренных законодательством Российской Федерации, Министерство координирует в пределах своей компетенции деятельность медицинских и фармацевтических организаций, осуществляющих свою деятельность на территории Республики Марий Эл (независимо от их организационно-правовых форм и форм собственности).