Школа построена в 1958 г.
В 2003 г. на базе школы № 389 и Детского экологического центра было создано Государственное общеобразовательное учреждение средняя общеобразовательная школа № 389 «Центр экологического образования».
С 2004 года школа работает по программе «Школа России». Введен естественнонаучный профиль.
В 2008 г. школа прошла аккредитацию и получила статус лицея.
С 2020 г. в лицее ведется подготовка по двум профилям естественнонаучному и технологическому.
В октябре 2023 года в лицее был создан волонтерский отряд «Импульс», который организовывал и проводил мероприятия для детей и подростков в центре для детей- сирот и детей, оставшихся бес попечения родителей, в домах –интернатах для инвалидов и престарелых людей, собирали гуманитарную помощь для участников СВО, для ветеранов Великой отечественной войны, для людей переживших блокаду Ленинграда, в приюты для животных, участвовали в акциях «Внуки по переписке, плели маскировочные сети и многое другое.
Развитие волонтерского движение, привлечение учеников, оказание реальной помощи нуждающимся. Создание мероприятий и проектов добровольческой деятельности. Мы продолжаем развиваться и усовершенствоваться, принимаем участие в различных волонтерских конкурсах и акциях, учимся сотрудничать с людьми разных возрастов и разных социальных кругов. Привлекаем в свой отряд больше детей и подростков.