Функции и полномочия учредителя ФАУ «ЦМТО ФПС по г. Москве» осуществляет МЧС России в установленном законодательстве Российской Федерации порядке.
В своей деятельности учреждение руководствуется законодательством и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации, нормативными правовыми актами и распорядительными документами МЧС России.
Органами управления являются Наблюдательный совет и начальник Учреждения.
Предметом деятельности ФАУ «ЦМТО ФПС по г. Москве» является реализация полномочий МЧС России в сферах науки и образования, средств массовой информации, физической культуры и спорта, здравоохранения, материально-технического обеспечения, а также отдельных полномочий, предусмотренных законодательством Российской Федерации, в сфере управления и распоряжения имуществом, принадлежащим территориальным органам МЧС России и организациям, находящимся в ведении МЧС России.