Дата создания образовательной организации 2 сентября 1962 года.
В 2009 году учреждение получает статус школы с углубленным изучением математики, физики, в 2014 году – статус лицея.
В 2010 году в школе открыт первый специализированный класс для одаренных детей в области математики, в 2012 году – специализированный класс для детей, одаренных по видам спорта. С 2013 года начинают свою работу классы для одаренных детей по инженерно-технологическому направлению. С 2011 года в школе/лицее реализуется региональный проект «Школа – центр физической культуры и здорового образа жизни», работает клуб «Олимп». С 2018 году началась реализация муниципального проекта «Технологическое образование школьников через новый формат урока технологии», предполагающий модульное изучение данного предмета; с 2020 году – регионального проекта «Сетевая дистанционная школа».
В 2014 году коллектив МБОУ «Средняя общеобразовательная школа № 159 с углубленным изучением математики и физики» награжден золотым сертификатом и золотой медалью, подтверждающими безупречное качество предоставляемых услуг, с занесением в Федеральный электронный реестр «Дочка почета России».
В 2020 году коллектив МБОУ «Лицей № 159» стал обладателем Свидетельства Национального Реестра «Ведущие учреждения социальной инфраструктуры России – 2020»
В 2021 году МБОУ «Лицей № 159» включен в Федеральный реестр "Всероссийская Книга Почета".