Институт управления в экономических, экологических и социальных системах был создан Приказом от 25 декабря 2013 г. № 507-ОД «О создании Институтов в структуре Инженерно-технологической академии» путем реорганизации Факультета управления в экономических и социальных системах и Факультета естественнонаучного и гуманитарного образования Инженерно-технологической академии Южного федерального университета.

Факультет управления в экономических и социальных системах был образован в 1995 г. с целью организации подготовки специалистов в области экономики, менеджмента, юриспруденции. Бессменным деканом факультета с 1995 г. по 2011 г. являлся доктор технических наук, профессор Иванов Геннадий Иванович. С 2012 г. по 2014 г. факультетом руководила доктор экономических наук, профессор Шевченко Инна Константиновна. С 2014 по 2015 директором Института управления в экономических, экологических и социальных системах был д.т.н., профессор Петров Виктор Владимирович. С 01 декабря 2015 г. по 16 мая 2021 года руководил ИУЭС доктор экономических наук, доктор юридических наук, профессор Павлов Павел Владимирович.

С 17 мая 2021 года директором стала кандидат экономических наук Юлия Викторовна Развадовская.

Сегодня Институт управления в экономических, экологических и социальных системах – это подразделение Южного федерального университета, занимающееся реализацией образовательных программ и научных исследований в области социальных, экономических, гуманитарных и инженерно-технических наук, активно использующее интеграцию направлений деятельности института с целью создания междисциплинарной образовательной среды, а также разработки и внедрения конвергентных технологий устойчивого развития общества.