История создания Северо-Кавказского таможенного управления начинается 20 апреля 1992 года: приказом ГТК РФ № 131 «О создании Северо-Кавказского таможенного управления Российской Федерации» в Ростове-на-Дону. На момент создания СКТУ включало 8 таможен (Новороссийская, Туапсинская, Сочинская, Минераловодская, Ростовская, Нижневолжская, Краснодарская и Дагестанская), полтора десятка таможенных постов и около 800 сотрудников. Приказом ГТК РФ № 558 от 27 июня 2000 года с 1 июля Северо-Кавказское таможенное управление переименовывается в Южное таможенное управление.

Дата образования Северо-Кавказского таможенного управления в его современном виде – 12 июля 2010 года. Новое Управление отличается от созданного в 1992 году регионом деятельности, которым теперь является Северо-Кавказский федеральный округ. В приказе ФТС России от 7 июля 2010 года № 1275 «О создании Северо-Кавказского таможенного управления» с 12 июля 2010 года местонахождением СКТУ определен город Минеральные Воды.

С 12 октября 2010 года приказом ФТС России от 18 октября 2010 года начальником Северо-Кавказского таможенного управления назначен Агепсим Исаакович Ашкалов, ранее являвшийся начальником Минераловодской таможни.

Приказом ФТС России от 22 сентября 2010 года № 1753 «О совершенствовании структуры и штатной численности таможенных органов, расположенных в Северо-Кавказском федеральном округе» с 10 января 2011 года СКТУ переподчинены Дагестанская, Минераловодская и Северо-Осетинская таможни, имеющие в подчинении 18 таможенных постов, в регионе деятельности которых функционируют 14 пунктов пропуска (6 воздушных, 6 автомобильных, 1 железнодорожный и 1 морской).

С 20 октября 2010 года создана и подчинена СКТУ Северо-Кавказская оперативная таможня, а с 27 июня 2018 года – Северо-Кавказская электронная таможня.