История МГЕР началась в 2005 году – 15-16 ноября в Воронеже состоялся I Съезд «Молодой Гвардии Единой России», на котором руководящим органом Организации был определен Координационный Совет, состоящий из координаторов по федеральным округам. Первым лидером «Молодой Гвардии» – Председателем Координационного Совета – стала Татьяна Воронова, являвшаяся на тот момент координатором по Сибирскому федеральному округу.

В июле 2010 года в Нальчике МГЕР организовала Всероссийский молодежный политический форум «Кавказ – 2020».

22 декабря 2010 года в Москве под девизом «Эволюция» проходит IV Съезд «Молодой Гвардии». Упраздняется Политический совет Организации. Роль высшего политического органа возвращается к Координационному Совету. Новым лидером «Молодой Гвардии» – Председателем Координационного Совета – избирается Тимур Прокопенко. Сопредседателями становятся Артем Туров и Алена Аршинова. Ключевыми проектами Организации стали: «Я – спасатель», «Wi-Fi ЭпидемиЯ», «Я за честные выборы», «Доступная среда» и другие.