Структура Университета включает в себя 8 факультетов (лечебный, педиатрический, стоматологический, фармацевтический, психолого-социальный, факультет медико-биологического и гуманитарного образования, факультет иностранных учащихся, факультет дополнительного профессионального образования) и 66 кафедр. Университет осуществляет подготовку по 5 основным образовательным программам высшего образования, 51 программам ординатуры и 8 программам аспирантуры. Реализуются более 232 программ повышения квалификации и профессиональной подготовки, переподготовки и повышения квалификации специалистов учреждений здравоохранения Смоленской, Брянской, Калужской, Псковской, Калининградской и других областей.

На 66 кафедрах Университета преподавание осуществляют 59 профессоров, 186 доцентов, 87 докторов наук и 320 кандидатов наук. Учёную степень имеют 73% от общей численности профессорско-преподавательского состава. В то же время в вузе низкий процент молодых научно-педагогических кадров: без ученой степени (до 30 лет) – 5,7%; кандидатов наук (до 35 лет) – 2,2%; докторов наук (до 40 лет) – 0,4%.

В СГМУ обучается более 5000 студентов из 25 регионов России и 30 стран мира. Доля обучающихся по направлениям подготовки специалитета по договорам о целевом обучении в общей численности студентов составила в 20,19%. СГМУ имеет договорные отношения и осуществляет целевой прием абитуриентов Брянской, Калужской, Калининградской, Орловской, Псковской, Смоленской и

Тульской областей, а также Федерального медико-биологического агентства и Управления Федеральной службы исполнения наказаний. Доля иностранных студентов составляет 27%.