Основными целями центра является содействие развитию системы особо охраняемых природных территорий (ООПТ) федерального значения, подведомственных Минприроды России,а также повышение эффективности работы учреждений, осуществляющих управление ООПТ федерального значения. Среди задач, стоящих перед центром - информационно-аналитическое обеспечение деятельности Минприроды России в области организации, охраны и использования особо охраняемых природных территорий федерального значения; информационно- методическое, нормативно-правовое сопровождение деятельности ФГБУ, осуществляющих управление ООПТ; участие в выработке проектов нормативных актов в области организации, охраны и использования ООПТ федерального значения.