Управление образовательной организацией осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Единоличным исполнительным органом МБОУ «Лицей № 44» г. Чебоксары является директор лицея, который осуществляет текущее руководство деятельностью образовательной организации.
В МБОУ «Лицей № 44» г. Чебоксары функционируют коллегиальные органы управления:
В целях учета мнения обучающихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся и педагогических работников по вопросам управления лицеем и при принятии лицеем локальных нормативных актов, затрагивающих их права и законные интересы, созданы:
В МБОУ «Лицей №44» г. Чебоксары действует первичная профсоюзная организация педагогических работников.
С 2020 года в лицее работает отряд волонтеры-экологи, его работа на популяризацию идей экологического добровольчества посредством организации добровольческого экологического движения «Эковолонтеры».
В Лицее с 2021 года функционирует школьный отряд волонтеров - медиков, который работает в двух направлениях: 1) популяризация здорового образа жизни и просвещение в области охраны здоровья; 2) волонтерская помощь в медицинских организациях в рамках программы профориентации Движения.
С 2023 года сформирован школьный отряд Всероссийского общественного движения "Волонтеры Победы".
В 2022 году школьный отряд волонтеров медиков организации "МБОУ Лицей №44" получил диплом "Самый активный школьный отряд". Ежегодно школьный отряд волонтеров медиков награждается благодарностью за вклад в развитии медицинского добровольчества отделом ВМ Чувашской республики.
Каждое полугодие в МБОУ "Лицей №44" г. Чебоксары проходит экологическая акция сбора макулатуры "Бумажный Бум". Всего лицеистами было собрано более 25 тонн бумаги и картона.
С 2020 года в лицее реализуется проект по вторичному сбору сырья, закуплены и функционируют контейнеры для раздельного сбора бумаги, пластика, алюминия и батареек.
Представители школьного отряда "Волонтёры Победы" Лицей №44 г. Чебоксары на республиканском форуме добровольцев Чувашской Республики «Доброфорум».
Участники школьного отряда Всероссийского общественного движения "Волонтеры Победы" отмечены благодарственными письмами за активное участие, организацию и проведение памятных мероприятий в 2023 году начальником Управления Главы Чувашской Республики по молодёжной политике Иваном Михайловичем Филипповым.