Федеральное казенное образовательное учреждение высшего образования  "Санкт-Петербургский университет Федеральной службы исполнения наказаний" расположен в историческом месте Санкт-Петербурга – г. Пушкин (бывшем Царском Селе), городе дворцов и парков, в той его части, которая исторически со времен правления Екатерины II носит название «София» (1 января 1779 года был издан указ о строительстве города с таким названием).

В начале XIX столетия София была военным предместьем Царского Села: на ее территории размещались полки Лейб-гвардии Его Величества, в честь которых получили названия улицы района: Гусарская, Кирасирская, Стрелковая, Гренадерская и Гвардейская. В результате планировки, заниматься которой было поручено придворному архитектору Ч. Камерону, София была разбита на отдельные правильные кварталы с обширной площадью в центре, где в 1782-1788 годы возвели каменный Софийский собор.

По адресу г. Пушкин, ул. Саперная, д. 34 рядом с Софийским собором располагается Институт (между улицами Огородная и Гусарская).

На территории, занимаемой институтом, в XIX веке находилась Царскосельская уездная тюрьма, построенная по проекту архитектора А. Г. Трамбицкого. Два здания этого тюремного комплекса, сохранившиеся до наших дней, внесены в перечень объектов культурного наследия г. Санкт-Петербург. 

До 2001 года значительная часть профессиональной подготовки сотрудников УИС осуществлялась во Всероссийском институте повышения квалификации (г. Домодедово). После перехода уголовно-исполнительной системы из состава Министерства внутренних дел в ведение Министерства юстиции возникла необходимость создания самостоятельного принципиально нового многопрофильного учебного заведения дополнительного профессионального образования для работников основных служб  пенитенциарных учреждений.

Для реализации данной задачи приказом Министерства юстиции Российской Федерации от 30 января 2001 года №27 на базе Межрегионального учебного центра ГУИН Министерства юстиции Российской Федерации был создан Санкт-Петербургский институт повышения квалификации работников УИС Минюста России (с 2005 года – ФСИН России).

16 апреля 2020 года на базе Санкт-Петербургского института повышения квалификации сотрудников ФСИН России создан Санкт-Петербургский университет ФСИН России.