Вопросы о создании заповедников на Курилах поднимались еще в конце 40-ых годов ХХ века в связи с необходимостью охраны котиков и каланов. Необходимость создания ботанического заповедника в южной части о.Кунашир подчеркивал известный ботаник Дальнего Востока Д.П. Воробьев (1947, 1948, 1956 гг.). Крупнейшие зоогеографы А.А. Куренцов (1947, 1955 гг.) и Э.О. Криволуцкая (1964 г.), орнитологи В.А. Нечаев (1969 г.) и А.Г. Велижанин (1972 г.) выступали с предложениями о создании заповедника на Южных Курилах для сохранения уникальной флоры и фауны островов. Известный географ И.П. Герасимов (1969 г.) выдвинул вопрос о целесообразности коренного изменения существующего отношения хозяйственных организаций к биоресурсам и о необходимости охраны и полного заповедания отдельных территорий Курил. В связи с заключением 14.10.1974 г. межправительственной конвенции между СССР и Японией об охране гнездовий и зимовок морских колониальных и перелетных птиц и среды их обитания, снова был поднят вопрос о создании на Южных Курилах охраняемых территорий и акваторий. В 1975 г. было проведено биолого-экономическое обследование Южно-Курильского р-на, в 1976 г. составлен проект организации заповедника «Курильский», общая площадь которого равнялась 82947 га. Второй этап к созданию заповедника приходится на 1982 г., проведены дополнительные изыскания, частично изменены границы в связи с происшедшим отводом в пользование некоторым ведомствам отдельных земельных участков и возросшим хозяйственным освоением Курильских островов. Первый в Сахалинской области государственный заповедник «Курильский» учрежден Постановлением Совета Министров PCФСР от 10.02.1984 г. №47.

Территория заповедника состоит из трех участков, два из которых находятся на острове Кунашир (Тятинский (северный) и Алехинский (южный) участки), третий – на о-вах Малой Курильской гряды – Дёмина и Осколки.

Площадь заповедника 65861 га (0,75% Сахалинской области). К территории заповедника прилегают наземная (41 475 га) и морская (32 000 га) охранные зоны. В 1995 году учреждена морская охранная зона заповедника в акваториях острова Кунашир и островов Демина и Осколки.

В административном управлении заповедника находится государственный природный заказник федерального значения «Малые Курилы», который включает большую часть о. Шикотан и все остальные острова Малой Курильской гряды, кроме входящих в заповедник, с прилегающей к ним одномильной акваторией.