Государственный природный заповедник создан в соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации от 16.12.2017 № 1563. На заповедник возлагаются следующие задачи: 1) осуществление охраны природных территорий в целях сохранения биологического разнообразия и поддержания в естественном состоянии охраняемых природных комплексов и объектов; 2) организация и проведение научных исследований; 3) осуществление государственного экологического мониторинга (государственного мониторинга окружающей среды); 4) экологическое просвещение и развитие познавательного туризма; 5) содействие в подготовке научных кадров и специалистов в области охраны окружающей среды. Управление заповедником, выполнение задач, возложенных на заповедник, осуществляет федеральное государственное бюджетное учреждение «Государственный природный заповедник «Васюганский», расположенное по адресу: 634050, г. Томск, пер. Нахановича 3А.