Школа № 89 организована как восьмилетняя школа с продленным днем решением исполкома городского Совета народных депутатов г. Томска № 190 от 19.05. 1960 г. в соответствии с Постановлением ЦК КПСС и СМ СССР от 15.02. 1960г. № 182 «Об организации школ с продленным днем».

На основании Постановления ЦК КПСС и СМ СССР от 10.11.1966г. № 87 «О мерах дальнейшего улучшения работы средней общеобразовательной школы» исполком городского Совета народных депутатов решением №255 от 01.06.1967г. реорганизовал восьмилетнюю школу №89 с 01.09.1967г. в среднюю общеобразовательную школу.

Ø   В школе № 89 активно работали пионерская и комсомольская организации. В 1962 году пионерской дружине было присвоено имя Ю.А. Гагарина. Переписка с космонавтами, поездки в Звездный городок и на родину Ю.А. Гагарина, участие во Всесоюзном слете пионерских дружин им. Ю.А. Гагарина в Харькове, ежегодный школьный праздник 12 апреля присвоение лучшим учащимся звания «Юный гагаринец» - традиции нескольких поколений пионеров. 12 апреля 1962 года – открытие памятника Ю.А. Гагарину. Организатором многих школьных дел был комитет ВЛКСМ.

Ø   С 20 февраля 1968 года в школе работает музей «Память Поколений». Работа этого музея по патриотическому воспитанию – особая страница в истории школы. Школьники, учителя, побывали в городах – героях Москве, Ленинграде, Волгограде, Одессе, Брестской крепости, в Петрищево, Кузбассе и т.д. Гостями музея были участники Сталинградской битвы, ветеран 79–й Гвардейской дивизии Петр Петвинов, защитник Брестской крепости Гаврилов П.М., Герой Советского Союза Рукавишников Н.Н. Особенно дорожат в школе Грамотой Всероссийского совета ветеранов, подписанной А. Маресьевым.

Ø   С 1964 г. в школе существует туристический клуб «Горизонт». Туристический клуб «Горизонт» - старейший в городе. Маршруты походов: Тянь-Шань, Урал, Байкал, Алтай, Горная Шория, сплавы по рекам Томская область и Кемеровской области и др. На протяжении многих лет на городских соревнованиях турклуб занимает призовые места (30 побед). В 80-ые годы «Горизонт» дважды принимал участие в областных соревнованиях (1 – 2 место), один раз – во Всероссийских (8 место). Клуб имеет эмблему и флаг, а также девиз: «С нами – в поход!» Руководителями клуба с 2003 года, являются: Минина Елена Валентиновна, турист России, директор МБОУ «СОШ №89», Решетников Александр Леонидович, турист России, кандидат в мастера спорта по туризму, учитель технологии МБОУ «СОШ №89».

C 2011 года в школе действует волонтерская команда "Горизонт", сотрудничество с реабилитационным центром для детей, выходы на природу, сопровождение в зоопарк, "Веселые старты", мастер -классы, Новогодние утренники. Участие в акциях "Собери макулатуру -спаси дерево", "Сбор вещей для нуждающихся", "Помощь Котодому", "Сбор пластиковых крышек и батареек"., участие в волонтерских слетах.