История учреждения началась 13 октября 1966 года, когда Решением исполнительного комитета Вологодского областного Совета трудящих при управлении культуры была создана производственная группа по охране и эксплуатации памятников истории и культуры, со штатной численностью в три единицы. В 1987 году производственная группа была реорганизована в Научно-производственный центр по охране и использованию памятников истории и культуры. А с 1990 по 2002 год уже в качестве Дирекции по охране, реставрации и использованию памятников истории и культуры в Вологодской области учреждение осуществляло полномочия государственного органа охраны объектов культурного наследия. С 2002 года до настоящего времени Дирекция осуществляет деятельность по организации работ по выявлению, обследованию, составлению первичной учетной документации на объекты культурного наследия, исполнению функций заказчика-застройщика на ремонтно-реставрационные работы, балансодержателя памятников, организации археологических исследований, разработке научно-проектной документации, содействует становлению объектов культурного наследия духовно-культурными и просветительскими центрами и др.

В соответствии с постановлением Правительства Вологодской области от 29.12.2010 года №1594 «О создании автономного учреждения культуры Вологодской области «Вологдареставрация»» с 1 апреля 2011 года создано автономное учреждение культуры Вологодской области «Вологдареставрация» путем изменения типа государственного учреждения культуры «Дирекция по реставрации и использованию памятников истории и культуры в Вологодской области».

Учреждение имеет филиал - Культурно-просветительский и духовный центр «Усадьба Брянчаниновых», расположенный в отреставрированном объекте культурного наследия федерального значения «Усадьба Брянчаниновых, XIX век» в селе Покровское Грязовецкого района Вологодской области.

Одним из направлений деятельности организации является координация и поддержка деятельности волонтеров, волонтерских объединений и корпоративного волонтерства в сфере сохранения объектов культурного наследия Вологодской области; популяризации деятельности по сохранению объектов культурного наследия в регионе.

Учредитель – Комитет по охране объектов культурного наследия Вологодской области.