Начало исторического образования связано с деятельностью кафедры марксизма-ленинизма Кызылского государственного педагогического института. Преподавание истории и общественных дисциплин было связано с такими известными учеными как Д.К. Хадаханэ, Е.М. Скрипов, Л.Ф. Антипин, В.А. Дубровский, В.А. Копеел, Е.Д. Танова, В.Л. Биче-оол и др.

Перемены в нашей стране конца 1980-х - начала 1990-х гг. поставили вопрос об обновлении преподавания истории и подготовке высококвалифицированных кадров – историков, прежде всего, учителей истории. На базе ЕГФ в 1989 году была набрана группа из 25 человек по специальности «учитель истории и географии». В 1992, 1993 гг. на филологическом факультете был осуществлен набор по специальности «учитель истории средней школы».

Исторический факультет как самостоятельное подразделение был открыт в 1994 г. благодаря инициативе и усилиям д.и.н., профессора З.Ю. Доржу, к.и.н., доцента В.Л. Биче-оола и других преподавателей. Материально-техническая база нового факультета создавалась с нуля. Для учебы была огорожена половина второго этажа студенческого общежития по ул. Интернациональной, дом 20. Преподаватели и студенты сами разбирали стены, чтобы объединив 2-3 комнаты, сделать из них учебные аудитории. Обучение было очным. Однако, в связи с нехваткой учителей истории в школах республики, решили открыть в 1996 г. заочное отделение.

Первым деканом факультета был к.и.н., доцент Вячеслав Оюнович Опеен, заместителем декана по учебной работе стала молодой специалист, окончивший Иркутский государственный университет Татьяна Викторовна Люндуп. Деканами в разные годы работали В.О. Опеен, Т.Т. Мунзук, О.О. Иргит, Г.А. Ондар, А.К. Сат, А.Ч. Ашак-оол, Р.Ш. Харунов. В настоящее время деканом факультета является к.и.н., доцент Н.М. Очур.